Rapatriement libellé CIM-10 du DP des RPS

Introduction

Script très simple et très classique pour enrichir les données PMSI via le rapatriement des libellés, ici le libellé CIM-10 du DP de chaque RPS du jeu de données, à partir du référentiel cim_libelle ¹

Code

library(dplyr)
library(refpmsi)

cim_libelle <- refpmsi::refpmsi(cim_libelle)

rps_extended <- psy_rps$rps %>% 
    dplyr::select(everything()) %>% 
    dplyr::left_join(cim_libelle %>% dplyr::select(cim_code, dp_libelle = cim_libelle), join_by(dp == cim_code))
rps_extended

Commentaires

Ligne 6 : psy_rps$rps est un tibble des variables de la partie fixe des RPS. Voir Guide des scripts - Jeux de données

Ligne 7 : everything() est pour tidyselect::everything() sachant que le package tidyselect:: est chargé via le dplyr.
everything() dans le dplyr::select() est une façon de sélectionner toutes les variables natives du du tibble psy_rps$rps, donc toutes les variables de la partie fixe d’un fichier RPS, dont, en particulier, la variable dp

Ligne 8 : on profite du dplyr::select() pour renommer cim_libelle en dp_libelle plus cohérent.
Le dplyr::left_join() ajoute dp_libelle en dernière position

Dans tous les écrans PMSISoft PSY, le libellé des codages CIM-10 est rapatrié par défaut.

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Notes de bas de page

1. documentation du référentiel cim_libelle