library(dplyr)
library(tidyr)
library(refpmsi)
cim_only_libelle <- refpmsi::refpmsi(cim_libelle) %>% dplyr::select(cim_code,cim_libelle)
codage_dp_dr <- mco_rss$rum |>
dplyr::select(nas,no_rss,no_rum,dp_rum,dr_rum) |>
tidyr::pivot_longer(cols = c(dp_rum,dr_rum), names_to = "position", values_to = "codage") |>
dplyr::filter(!is.na(codage))
codage_das <- mco_rss$das |>
dplyr::select(nas,no_rss,no_rum,codage = das) |>
dplyr::mutate(position = "das")
codage_dad <- mco_rss$dad |>
dplyr::select(nas,no_rss,no_rum,codage = dad) |>
dplyr::mutate(position = "dad")
codage_cim <- dplyr::bind_rows(codage_dp_dr,codage_das,codage_dad) |>
dplyr::arrange(across(c(nas,no_rss,no_rum))) |>
dplyr::left_join(cim_only_libelle, by = join_by(codage == cim_code))
codage_cimIntroduction
Pour construire la base de l’ensemble des codages CIM-10, indépendamment de la position de codage (DP, DR, DAS ou DAD). nous allons créer un tibble des codages CIM-10 pour chacune des 4 positions possibles de codage, en faisant en sorte que ces 4 tibbles aient les mêmes variables. Puis, nous “empilerons” les 4 tibbles.
Le tibble calculé codage_cim comprend les variable d’identification du RUM (nas,no_rss,no_rum), le code CIM-10, son libellé et sa position.
L’exploitation classique de ce tibble des codages CIM est le repérage des séjours avec présence d’une pathologie qualifiée par un ou plusieurs code CIM-10.
Code
Commentaires
Ligne 5 : création d’un référentiel minimal des libellés CIM-10 via refpmsi::
Lignes 7-10 : génération du tibble des codages CIM issus des positons DP et DR en créant une variable position avec tidyr::pivot_longer()
Ligne 7,12,15 : mco_rss$rum, mco_rss$das, mco_rss$dad sont des tibbles issus des RUM. Voir Guide des scripts - Jeux de données
Ligne 20 : on réarrange pour que tous les codages CIM des RUM d’un même séjour soient regroupés
PMSISoft MCO
Cette table est extractable nativement par exemple à partir de l’écran Base des codes CIM
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